無論東密與藏密所標榜的曆史淵源如何久遠，但它的佛學和修法理論的完整系，雖自釋迦過後八九百年間無著、世兩兄弟完成“唯識”法相學後，爲密宗的修法，建立了一套完整精詳的理論，但根據“唯識”與“般若中觀”的精義而確立密宗“即身成佛”的奧義，在藏密的發展系統中，由初唐開始一直到明代，從阿底峽尊者著《菩提道炬論》，再到宗喀巴大師著《菩提道次第論》止，才是正式的完成。其次，由初唐到元明之間，如紅教的“大圓滿”，花教的“大圓勝慧”，白教的“大手印”等等修法，雖然也本于“唯識”與“般若”的見地，但與其說是“中觀“的修法，毋甯說是禅宗心法的同源異派，較爲適當。再其次，東密修法的理論，唯未完全采用“唯識”的大系，但其主要重心，實不離于“唯識”的“勝義有”觀。有關這些學理依據的理由，牽涉太廣，暫且不談。

大日如來與宇宙萬有的本論

　　東密最基本的大經，便是《大日經》、《金剛頂經》。《大日經》以“毗盧遮那佛”爲密教的本尊，也別稱爲“大日如來”。他是法界獨一無二的一尊，借用哲學的術語來說，他便是超越于宇宙獨一無二的本。用佛學的名詞，他便是“法身佛”。他與自成爲眷屬，也等于說，宇宙萬有，都是他自本能的附屬品，他在秘密的金剛界的心殿之中，永恒不斷地自受所有的法樂。《大日經》所說的道理和境界，便是他說出自身所證到的聖智境界。

　　透過《大日經》所說的這些基本原理，我們便可知道人類本自具備超越于宇宙萬有的自本能，根本上，便自具有無比的純真、至善、至美的萬有功能。它便是法界宇宙萬有和人類本自我的主宰。除此以外，再無其他另有的第一個因，更不是人類所奉獻給他的成果。它便是由小我歸還到本有的大我，而且無所謂有你、我、他的分別之真我。那麼，他與顯教、密宗互相共同的《華嚴經》上所說的“毗盧遮那佛”的原理完全一致。同時，也和唯識學所標榜的人與衆生共有同的“阿賴耶”藏識的正反面，本自具有“真如”的理論和原則，完全相契。而且《華嚴經》由龍樹大士所出，《大日經》也由龍樹（又說爲是龍猛）所出。《華嚴》爲唯識學的基本要典，同時也通爲密宗的大經。由此而知，後期佛學之有密教，它與龍樹菩薩關系的來龍去脈，就不難探索可知。

　　但是，一般顯教的佛學，無論大乘和小乘的理論和修法，都說由一個普通平凡的凡夫，要修證到成佛成聖的階段，實在非常之難。在小乘的佛學中，認爲至少要死後重生人生，連續修持好幾生才能證果。到了大乘佛學的唯識法相宗，認爲由凡夫到成佛之路，必須要經過三大劫。等于說，要經過無數次的世界成壞，才有成就的可能。一般人在開始學佛學道時，總帶有多多少少，或潛在而不自知的功利觀念，對于多生累劫修持成佛的說法，和遙遠而不能把握的道德升華和善行的結果，不是望而卻步，就是多數半途而廢。極難至誠修學，遭遇曲折困難而永無退志。只有禅宗，標榜出“明心見，頓悟成佛”，比較富于吸引力，會使一般人生起追求的渴望。除此之外，密宗“即身成佛”的號召，則更能引人入勝。

　　此外，在佛學的修法中，無論顯教的任何一宗，乃至禅宗，除了采用禅定的靜慮——止觀等方法，作爲修持的憑借以外，其余的學理，大上都是智慧思維所得的成果。而且汪洋倘恍，難窮邊際，使一般淺智的人，感覺到難以憑借，更無絕對的把握。而在密宗呢？提出有“三密”的加持功德，使人容易得到“即身成佛”的效果。而且花樣百出，可使修學密宗的人，晝夜忙著“有爲”而求達“無爲”涅槃的成果。這是人們多麼喜歡的事，也可以說，它是經濟價值高而成本較爲低廉的成佛捷徑。所以釋迦牟尼遺言中提到，後代末世的時期，大乘佛學的智慧成就之學，一一衰落，唯獨密宗與具有宗教信仰的淨土宗，才能流布不息。以此證之于現代的趨勢和事實，卻甚爲相似。

　　密宗所謂的“三密”，就是身、口、意的三重內涵的秘密。所謂身密，歸納起來，應有兩種意義：（1）人本有的奧秘，它與天地宇宙的功能，本來便具有互相溝通的作用，只是人們沒有通過大智慧的理解，沒有經過合理方法的修持，所以永遠沒有發揮偉大的作用。（2）密宗認爲有各種傳統淵源于遠古的方法，加持到修學密法的人身上，便可使他有事半功倍的效果，可以迅速地與神人互通，天人一，進而至于成佛成聖。

　　但是，從東密與藏密的範圍來講，關于身密的道理和修法，卻各有不同的基礎。以東密來講，透過人兩手十個指頭，配上心理想象的意念，契合某一修法，便互相結成各個不同的“手印”（中的道教，叫作撚訣），便可産生加持修學密法者的效力。因此，對于人十指具有無比潛能的奧秘，實在有值得研究的必要。而以藏密來講，認爲除了“手印”的威力以外，關于人身氣（氣機）脈（內腺）的作用，便本自具有“即身成佛”與天人互通的奧秘，幾乎與中道家的氣脈之說，可以互相輝映，益增光華。（有關密宗“手印”的部分圖）

　　手指秘名

　　輕軌之中手指密號多矣。今且出行記中所用示之。謂兩手名二羽，亦名滿月。兩臂亦稱兩翼。又十指名十度，亦名十輪十。右手名般若。亦名觀、慧、智等。左手名三昧。亦名止、定、福等。