[續萬曆十五年活著的祖宗上一小節]政府無力支付所有的費用。通常發給的款項，僅能在初步設計時作籌組全局的辦公費。茲後總理河道的禦史被派爲當地的總督，有的還帶有尚書、侍郎的頭銜，以便于他在許多府縣征用人力物力。所有的民夫、工具、糧食、醫葯和交通、通訊等等都要就地通盤籌措。所以，這一位總理河工的大臣除了工程經驗之外，還必須要具有
行無可疵議的記錄，這才能深孚衆望，動員這許多府縣的地方官，指揮如意。
潘季馴過去治河多年，無論經驗或者聲望都符合上述條件。他在1584年已官至刑部尚書，當時爲了代張居正的家屬求情，觸犯聖怒，因而被革職爲民。1587年黃河幾
決堤，開始的時候委派了一個沒有多大聲名的官員采取了若幹緊急置。1588年，在討論總理河道大臣一職人選的時候，潘季馴的名字有人提到，但沒有人敢向皇帝作堅決請求。正好這時候皇帝自己提出這一職務應當由“老成才望”的人充任，所以申時行才示意給事中薦舉起複潘季馴，事情得以順利通過。申時行還怕有人議論，又正好萬曆召見他面詢其他政務，他就在談話中
進了“皇上留意河道，拔用舊人，一時在任，皆稱谙練”這些話。這談話記錄一經給事中辦公室抄寫公布，潘季馴之出任“總督河道兼理軍務”一職，也就等于皇帝自己的主意，反對他的就不能隨便議論了。自此在申時行任首輔的年月中，潘季馴一直負責治河，成績卓著。而到申時行離開文淵閣以後不久，他也被參駭而再度罷官。
在文淵閣的八年半中間，北方邊防沒有發生重大事件，也是申時行引以自豪的政績。其實當時危機並沒有消失，只是依靠他理得當，才未釀成大變。
1590年，本朝的一員副總兵李聯芳在甘肅、青海交界的地方陷于蒙古的埋伏，力戰身亡。北京的文官大部分主張應當興兵討伐。這時候萬曆皇帝已很少在公開的場合之下露面，由于這一重大事件，他破例舉行早朝，朝罷以後繼續和各位大學士討論對付的辦法。萬曆同意多數廷臣的意見，認爲應當采取強硬態度，然而申時行則持有不同見解。
申時行的看法是這樣的：50年前，北方蒙古各部落在俺答的號召下組織成一個同盟，勢力所及，東西連亘兩千裏，與本朝軍隊屢屢作戰，殺傷軍民不計其數。到了1570－1571年冬天，俺答改變宗旨，願意約束各部不再犯邊，而以賞賜給他的津貼和互市的權利作爲交換條件。廷臣討論之後鑒于和平的局面對本朝有利，所以接受了他的提議，還封俺答爲順義王，其他部落首領也分別給予不同的名義。
俺答對這修好的條約忠實履行不渝。他去世以後，兒子黃臺吉尚能維持現狀，到了孫子奢力克，就已經沒有約束各部落的能力，全蒙同盟名存實亡。在甘肅、青海間活動的蔔失兔和火落赤兩部，尤其不受節製，經常向西南方向騒擾。一旦被質問他們就聲稱是“搶番”，即搶劫這一帶的回、藏諸部，而並非侵犯天朝。這種做法使他們既保持了賞賜和互市的利益，又保持了行動的自由。
1590年，本朝的一個被稱爲“方大醉”的下級軍官，聽到軍士報稱蒙古騎兵侵掠邊境，他就單人獨馬沖到出事的地方。蒙古人准備答話，此人乃一介武夫，一言不發，舉刀就砍。蒙古人在退走時拔箭射中了這位莽夫，致使他第二天創發身死。于是軍中群情激憤，堅決要爲他報仇。洮泯副總兵李聯芳追逐敵軍，遇伏陣亡。報告送到北京，議論就哄然而起，大都主張停止互市，出兵作戰。順義王奢力克也作了戰爭的准備，渡過黃河，即將陷洮河，入臨鞏。情勢如箭在弦上，一觸即發。
然而在申時行看來，情況並非沒有緩和的可能。他不能相信奢力克已經下定了全面戰爭的決心，因爲他的同盟並不團結，並不是每個部落都願意放棄互市的利益而與本朝作戰。如果和平的希望沒有斷絕就決心接受全面戰爭，這不能說是明智的辦法。邊境上發生這樣的事件，確實暴露了本朝的弱點，增加了蒙古人的野心。但補救的辦法不在于發動戰爭而在于鞏固內部的力量。如果邊防軍的空額都已補足，各邊鎮的倉庫充實，以遊牧民族耳目之靈通，他們是斷乎不敢輕易挑釁的。如果邊防的情況依然故我而本朝與蒙古人貿然交兵，縱使在局部地區取得勝利，這聯綿幾千裏的邊防線，終歸是要被對方沖破的。說到底，即使本朝的軍隊獲捷一百次，也不能宣布占領了大沙漠；而對方取得一次決定
的勝利，則可以使本朝徹底垮臺。
這一次理邊境危機的經過，更清楚地闡釋了我們帝
的特質，從此中看出：軍事機構受文官控製不是沒有理由的。邊防需要作出全面計劃和長久打算，動員的程度則既不可過低也不可過高。一般說來，全的情況有千差萬別，不容許中樞凡事過問。因之皇帝的領導多少帶有抽象，應當集中全力鼓舞臣工，而不必在每時每事上加以幹預。然則在緊要關頭，皇帝左右全局和戰的領導力量，卻又千萬不能等閑視之。就在這燥熱的1590年夏天，申時行因爲了萬曆皇帝的支持，終于避免了一場以運爲賭注的戰爭。這使他更進一步地
會到了本朝傳統的優越：讓年輕的太子受傅于翰林學士，實在是高瞻遠矚。日後太子登極，翰林學士也被擢升，初爲內閣中的副手，再遇機緣遂成首輔，這不僅保持了中樞人事的連續，而且憑著老師和學生的
切關系，可以使許多棘手的事情輕易而圓滿地得到解決。
首輔和萬曆在1590年陽曆8月25日的談話，是記錄中的最後一次。表面上看來，師生君臣間的討論似乎散漫無重點，而實際上申時行以極爲謙卑的語調，達到了當面禀奏的目的。磋商的結果，所有的總督巡撫都供職如故，沒有人因爲這次邊境出事而被撤職或受到其他罰，這表明皇帝對邊區各地方官的信任並未動搖；同時與俺答所訂立的和平條約至此已20年仍然有效，不因局部沖突而廢止。首輔又提出，所有官軍的防禦不可松懈，並應對蔔失兔和火落赤兩部特別戒備。再之則建議派遣一個重要的文臣去各邊區協調全部戰略置。這次在禦前的談話既經送交午門傳抄公布，則中樞的決心已定，不容置喙。因之磨拳擦掌的主戰派不得不稍事收斂。
4天之後，原來掌管京軍訓練、帶有兵部尚書銜的鄭雒被派爲北方各鎮的經略。這時甘肅、青海邊境的形勢已經穩定，本朝的軍隊沒有發動攻擊，蒙古鐵馬大舉內犯的可能也沒有成爲現實。1591年初，鄭雒乘蔔失兔企圖與火落赤會合的時候，突然襲擊其側翼，截獲了大批牛羊和其他給養，同時又按照申時行“清野”的指示，……
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