在闊別了24年之後，丘吉爾又回到海軍部工作，心情十分迫切。剛接受任命，等不得在王宮行吻手禮，他就捎話給海軍部說，他將在當天下午6點到部視事。海軍部立即電告各海軍艦隊：“溫斯頓回來了。”
他對海軍大臣的辦公室仍然相當熟悉，但對海軍部的大批高級軍官卻比較陌生。在他上一次任海軍大臣時，這些人都還是中級軍官。他任命布倫丹·布雷肯爲私人政務秘書；請林德曼教授幫助建立了統計
；還在自己的房間附近設立了高級作戰室，以便掌握艦隊的調遣分布和商船運輸情況。他請海軍部侍從副官c·b·湯普遜海軍中校每周二安排一次聚餐會，以便可以定期見到各部門官員。
在他剛到海軍部不久，因爲“雅典娜”號被魚雷擊沈，其中有不少美
人遇難，美總統羅斯福曾給他打來電話交換情況，這是丘吉爾第一次與羅斯福通話。9月11日，羅斯福還以個人名義寫信給丘吉爾說：“我希望你和首相了解，如果你們有什麼事要告訴我，我隨時歡迎你們直接和我聯系。你可以在任何時候把封好的信，通過你們的外交郵袋或我的外交郵袋寄給我。”丘吉爾立刻以“前海軍人員”的名義給羅斯福總統回了信。此後他一直與羅斯福長期保持著通信聯系，雙方來往信件達千封之多。
英對德宣戰之後到1940年4月這段時間裏，實際上于一種宣而不戰的狀態，生怕刺激了德人會妨礙將來的議和，因而在曆史上這一時期被稱爲“晦暗不明的戰爭”或者“奇怪的戰爭”。只有丘吉爾主持的英海軍部是個例外。他上任以後，把全副精力都投入了海軍部的各項工作中去，每天夜以繼日地忙碌著，時間往往長達十八、九個小時。爲了保持航線暢通，保證軍用物資以及人民生活必需品的供應，他組織建立了商船護航製度，並爲商船裝備了反潛大炮以防止敵人潛艇襲擊。他視察了英沿海各基地的艦隊。9月14日，他北上視察本土艦隊，同時想對斯卡帕灣加以考察，試圖爲護航艦隊落實一個適當的根據地。丘吉爾乘坐本土艦隊司令、海軍上將查爾斯·福布斯爵士的旗艦“納爾遜號”，視察了斯卡帕灣和停泊在埃韋灣的其他艦只。他回顧了25年前的另一次視察，與今天兩相對照，他認爲：“嚴格的軍紀，優良的作風，威武的姿態，以及禮儀上的慣例，這一切都沒有變。但完全不同的一代穿上了軍裝，走上了崗位。唯有戰艦絕大部分還是我在任期間建造的，沒有一艘是新的。”不僅裝備陳舊，而且數量不足。丘吉爾驚訝地發現，像“納爾遜號”這樣的巨型戰列艦，竟連一艘負責護衛的驅逐艦都沒有。而二十多年後的今天，由于軍事技術的進步，戰艦受到了來自
下潛艇和空中飛機的更大威脅。綏靖政策荒廢的歲月和眼前的嚴重情況都使他的心情格外沈重。
當他于19日晚乘火車回到倫敦時，海軍部第一海務大臣、海軍上將達德利·龐德爵士
往尤斯頓車站迎接他，並向他報告了“無畏號”航空母艦在布裏斯托爾海峽遭魚雷襲擊下沈，艦上1260名官兵中約有500人喪生的不幸消息。丘吉爾當即決定允許新聞界報道這一事件。他隨後向下院通報了建立商船護航製度、武裝商船以自衛，以及消滅德潛艇的戰鬥情況。丘吉爾認爲，反潛艇鬥爭是“一場殘酷的、大規模的和艱苦的搜索與驅逐戰、伏擊與計謀戰，以及科學與航海技術戰。”盡管形勢嚴峻，他還是滿懷信心。他的發言受到下院的高度評價。艾德禮稱贊這是一篇“堅定有力的聲明”；辛克萊認爲他的“罕見有力的演說，是一位戰鬥的大臣發表的一篇戰鬥演說，這篇演說對于戰爭時期的這個家的議會和人民來說，是一劑強有力的和合乎時宜的滋補葯”。
10月中旬，一艘德潛艇成功地穿越斯卡帕灣的防線，擊沈了抛錨停泊的“皇家橡樹號”戰艦，有786名官兵陣亡。由于丘吉爾上任時間很短而未被追究責任。對此，海軍元帥羅傑·凱斯爵士發表看法說：“在我看來，我確信全部海軍將士都同意這種意見，即如果這位高貴的先生在戰前幾個月就任海軍大臣的話，也就不會發生我們任何一個海港于無准備狀態這樣的問題。”
爲了重樹海軍的形象，鼓舞士氣，海軍部組織了一支由航空母艦和戰列艦組成的艦隊，搜索在南太平洋襲擊商船的德戰艦。一艘名叫“施佩伯爵號”的小型德戰艦在12月13日與一支由巡洋艦組成的英聯邦巡邏護航艦隊相遇。在亨利·哈伍德准將的巧妙調遣下，三艘只裝備了6英寸和8英寸口徑大炮的英方巡洋艦，將裝有11英寸口徑大炮的德艦擊成重傷，使它被迫逃往中立烏拉圭首都蒙德維的亞港內，但它只被允准停泊72小時。英方哈伍德將軍的“埃克塞特號”巡洋艦也因受傷被迫放棄了追擊，只有另兩艘巡洋艦封鎖了港口。在12月17日德戰艦被迫離港之前，英主力艦“坎伯蘭號”重型巡洋艦也趕到了。鑒于逃生已無可能，德“施佩伯爵號”戰艦艦長下令自爆戰艦，艦長本人也自殺了。
這一以小勝大的出
戰績在英引起了熱烈的反響。當其中的兩艘英軍艦“埃克塞特號”和“阿傑克斯號”于1940年2月中旬返回母港時受到隆重歡迎。王在倫敦檢閱了兩艦的全
官兵並爲他們授勳。隨後倫敦市長在市政廳爲他們舉行了招待午宴。恰好這時傳來消息說，英驅逐艦“科塞克號”冒險闖入挪威領海，從德補給艦“奧爾特馬克號”上救出了299名英戰俘。這也是一件令人高興的事情。但由于侵犯了挪威的中立，丘吉爾不得不“向外交部施加適當的壓力”，使這一事件由政府表示認可。
除了主持海軍部的工作之外，作爲戰時內閣的成員，丘吉爾自1939年9月中旬起，幾乎天天出席戰時內閣的各種會議，就全局
的問題進行質詢和發表意見。在丘吉爾的敦促下，內閣同意了將陸軍建製增加到55個師，以便在必要時從西線援助法。他還擬定了“凱瑟琳行動”計劃，以便爲設想中的開辟北方戰線的戰艦進行支援和護航。他另有兩項秘密計劃，一項是建造在布雷區和其他障礙物中開辟道路的巨型挖掘機的“耕耘者計劃”；另一項是在萊茵河投放漂浮雷的“皇家海軍陸戰隊計劃”。他還想在挪威沿海及“入口道”設置雷，以切斷可能從納爾維克港將瑞典的鐵礦石運往德的航線。但由于涉及到侵犯挪威中立地位的問題，因而遭到外交部和自治領事務部的反對。
11月末，在泰晤士河口的河灘上，發現了一個德磁雷。海軍部派出一個勇敢的技術小組，想方設法拆開了它，揭示了……
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